Masalah yang sering dihadapi ketika penyemaian adalah etiolasi, busuk, berjamur, layu dan pertumbuhan lambat. Untuk lebih jelas, akan kami jelaskan satu persatu masalah dalam persemaian.
1.Etiolasi (Kutilang)
Kondisi semaian atau bibit tanaman tumbuh memanjang atau menjalar dengan kondisi batang tidak kokoh, daun kecil dan pucat. Etiolasi pada tanaman disebabkan karena semaian kekurangan cahaya.

Batang tumbuh memanjang serta menjalar karena mencari cahaya atau sinar matahari untuk pertumbuhan. Kurangnya cahaya matahari menyebabkan hasil semaian yang menjadi bibit akan tampak pucat dan tidak kokoh.
Gejala etiolasi yang tidak segera di tindak lanjuti akan menyebabkan bibit tidak bisa lanjut ketahap selanjutnya (peremajaan dan pembesaran). Bibit yang sudah terkena etiolasi jika tidak ada perbaikan hasilnya juga tidak akan maksimal.
Etiolasi(Kutilang) sering kali di rasakan dan di alami oleh pemula hidroponik karena kurangnya info yang tepat saat menyemai. Biasanya pemula hidroponik melakukan semai pada semua tanaman dengan awal semai selalu tertutup dengan plastik hitam atau terletak pada tempat yang gelap.
Padahal dalam teknik semai, semaian wajib terkena sinar matahari secara langsung. Memang ada juga beberapa tanaman yang harus terletak pada tempat gelap yang berfungsi sebagai proses pemecahan benih.
Sayuran daun seperti selada, kangkung, sawi, bayam, pakchoy, pagoda saat proses semai seharusnya langsung diletakkan kebawah sinar matahari. Sedangkan, untuk tanaman buah dan bunga seperti tomat, cabai, terung, pare dan bunga kol saat proses awal semai bisa diletakkan ketempat gelap 2 x 24 jam yang berfungsi agar proses pemecahan benih dalam berkecambah lebih cepat.

2.Busuk dan Berjamur
Masalah selanjutnya dalam persemaian adalah busuk. Busuk pada semain biasanya tertandai pada akar bibit yang tidak dapat menyerap dengan sempurna sehingga mempengaruhi dalam proses pertumbuhan.
Hal ini terjadi karena kondisi semaian yang terkena air secara berlebih atau tidak sesuai dengan kebutuhan.
Air merupakan faktor penting dalam pertumbuhan terutama pada proses semai. Akan tetapi jika air terdapat dalam jumlah yang terlalu berlebih akan menyebabkan bibit menjadi busuk.
Busuk terjadi karena akar tanaman terlalu jenuh dengan jumlah air yang terlalu melimpah. Sedangkan kondisi media tanam sudah tidak mampu menyerap dan mengikat air.
Busuk juga terjadi karena oleh penangkapan persepsi yang kurang tepat seperti semaian kesiram setiap hari. Memang tidak salah, bahwa semaian kesiram setiap hari namun dalam konidisi cukup (cukup akan kelembabannya).
Lalu untuk menjaga kelembabannya cukuplah mudah dengan cara selalu cek semaian, misalkan semaian menggunakan media semaian rockwool. Setiap hari kita berikan air sesuai dengan daya serap rockwool, seperti media semai rockwool basah tetapi tidak ada air menggenang disekitar rockwool.
Kondisi busuk pada semaian ini harus selalu terjaga karena dapat menyebabkan tidak dapatnya semaian lanjut ke proses selanjutnya, bahkan dapat mengakibatkan kegagalan semai. Busuk pada semaian juga berdampak pada kondisi kelembaban yang sangat tinggi, yang menyebabkan resiko infeksi jamur, bakteri dan virus sangat cepat berkembang.
Penyebab semaian berjamur adalah kondisi air yang berlebih atau kelembaban yang terlalu tinggi. Selain itu, semaian berjamur juga dapat terjadi karena vektor pembawa seperti media semai yang kurang steril dan banyak lagi vektor yang membawa.
3.Layu
Kondisi yang tidak normal yang paling sering terlihat oleh tanaman terutama semaian. Kondisi layu dapat terlihat oleh perubahan tanaman terutama daun yang nampak lemas atau tidak segar.
Penyebab dari layu adalah kondisi semaian yang kekeringan atau kekurangan air dalam semaian. Selain itu, layu juga terjadi karena kondisi ruangan atau tempat semai yang terlalu panas atau memiliki suhu terlalu tinggi.
Layu pada semaian juga dapat karena adanya bakteri, jamur dan virus yang menyerang semaian sehingga menyebabkan tanaman tidak ke tahap selanjutnya. Semaian layu biasanya terjadi pada saat siang hari, hal ini bukan karena sinar yang berlebih namun suhu yang sangat berpengaruh.
Hal yang harus terjaga dalam semai agar semaian tidak mengalami layu maka harus perhatikan jumlah air dan suhu pada tempat semai. Pastikan semaian tidak mengalami kekurangan akan kebutuhan air.
4.Pertumbuhan Lambat
Pernahkah anda kesal karena pertumbuhan semaian anda lambat? Tahukah anda semaian anda lambat karena beberapa faktor yaitu benih dan lumut.
Benih dapat mempengaruhi daya pertumbuhan yaitu benih yang memiliki kemampuan rendah akan mempengaruhi proses perkecambahan. Salah satu cara untuk mengetahui daya pertumbuhan benih dengan cara memberikan uji daya paling sederhana.
Uji daya paling sederhana dapat anda lakukan dengan memasukkan benih kedalam air selama 10 – 15 menit. Selanjutnya untuk benih yang terapung tidak perlu di gunakan atau lanjutkan dalam semai dan yang tenggelam bisa langsung di semai.
Selain uji daya tadi, kita bisa melihat kemampuan daya tumbuh benih dengan menggunakan merk atau varietas yang sudah banyak di rekomendasikan. Ketika benih tersebut banyak kerekomendasikan maka jelas lebih baik untuk digunakan.
Selanjutnya faktor yang mempengaruhi lambatnya proses persemaian karena dalam persemaian pertumbuan lumut sangat tinggi. Lumut dapat tumbuh karena adanya air dan sinar matahari yang cukup.
Selain 2 faktor air dan sinar matahari, lumut dapat tumbuh karena pada semaian sudah di aplikasikan nutrisi ab mix. Pemberian nutrisi ab mix pada semaian kurang baik karena mempercepat pertumbuhan lumut.
Keberadaan lumut yang semakin banyak dapat menyebabkan persaingan kebutuhan air dan cahaya dengan semaian utama terutama akar. Lumut dalam jumlah sedikit masih bisa ditanggulangi, namun ketika lumut sudah berlendir atau sering disebut dengan alga akan mengganggu proses persemaian.
Sumber; hidroponik pedia